（1）導致土壤性狀惡化
在農田大量施用單元素化肥，其養(yǎng)分不能被作物有效地吸收利用，氮、磷、鉀等一些化學物質易被土壤固結，形成各種化學鹽分，在土壤中積累，造成土壤養(yǎng)分結構失調，物理性狀變差，部分地塊有害金屬和有害病菌超標，導致土壤性狀惡化。長期過量施用氮肥還會造成鈣、鎂等元素流失，使土壤持續(xù)酸化，最終喪失生產力。
（2）導致產品品質下降
偏施某種化肥，導致作物營養(yǎng)失調，體內部分物質轉化合成受阻，造成產品品質降低。例如，現在的瓜果吃起來不甜，蔬菜吃起來不香，并且容易腐爛，不能存放，其原因都是超標施用化肥。

（3）導致環(huán)境污染
由于施入過多的化肥，土壤水溶性養(yǎng)分等物質被雨水和農田灌水淋溶到地下水及河流中，造成部分地區(qū)的地下水及河流污染，使地下水、河流、湖泊呈富營養(yǎng)化，導致地下水不好喝，部分河流、湖泊內的魚蝦常發(fā)生死亡的現象。
（4）導致生產成本增加
一是受耕作栽培水平、作物需肥量等因素所限，作物不能獲得很高的產量；二是由于過多地施用單一性的肥料，造成營養(yǎng)不平衡，養(yǎng)分失調，只增加成本不增加產量，并造成了低品質的農產品不易銷售或價格偏低等現象，給農民帶來了損失。